Мюллер начал ответ с того, что разъяснил разницу между понижением позиций и деиндексацией.
Деиндексированные сайты не отображаются в результатах поиска вообще. Поисковик перестает их индексировать. Часто это может быть связано с серьезными техническими проблемами или большим количеством веб-спама. Если сайт действительно перестал индексироваться, есть пути решения. Обычно поисковик уведомляет об этом пользователей в Search Console.
Если сайт потерял позиции, найти причину будет гораздо сложнее, так как она может быть связана с множеством факторов, которые влияют одновременно: качество контента, общие настройки сайта и т. д. А вот плохие ссылки, скорее всего, никак на рейтинг сайта не влияют, так как Google такие ссылки игнорирует.
В целом, я бы не сильно беспокоился об этих 3000 плохих обратных ссылок от конкурентов. Наши системы довольно хорошо распознают такие вещи и игнорируют их. Так что на этом я бы не стал слишком фокусироваться. Что касается жалоб по DMCA, то правильным подходом будет ответить на них, если они необоснованны.
Таким образом, если сайт сильно просел в выдаче, стоит внимательно и дотошно искать причины, которые к этому привели, а не связывать проблемы только со ссылками и конкурентами.